環境影響評価とは、事業者が事業の実施による環境影響について自ら適正に調査・予測・評価を行い、その結果に基づいて環境保全措置を検討することにより、その事業計画を環境保全上望ましいものとしていく仕組みである。近年、市民の環境意識の高まりや、保全生物学などの学術分野における知見の蓄積によって、環境影響評価に対しても、このような時代の流れに対応した適切な調査・予測・環境保全措置・評価を行うことが求められている。適切な環境影響評価を行うためには、まず何を評価すべきかという視点を明確にして調査・予測・環境保全措置・評価を進めることが重要である。
「地形・地質」「植物」「動物」項目は、学術上もしくは希少性の観点から重要な動植物種、植物群落、注目すべき生息地、重要な地形・地質を対象とする点で「生態系」項目と異なる。これらの項目では、事業が重要な動植物種、植物群落、注目すべき生息地、重要な地形・地質の存続・持続可能性に及ぼす影響を調査・予測し、予測された影響を環境保全措置によってどの程度回避・低減できるかを評価する。
これらの調査は、単に調査地域の重要な動植物種、植物群落、注目すべき生息地、重要な地形・地質を網羅的に記載することを目的としたものではなく、環境保全措置や予測、評価を行うために実施する。調査方針を設定する際には、環境保全措置や予測、評価を行うために必要な資料が得られるよう、十分検討しなければならない。
「地形・地質」「植物」「動物」項目で調査対象とする地形や植物、動物は、生態系を構成する要素でもある。このため、スコーピング段階と同様に、調査・予測・環境保全措置・評価に際しても相互に十分な連携を図りながら進めるとともに、場合によっては作業を統合して行う必要もある。生態系項目で注目種として取り上げられた種が動植物項目における重要な種に選定される場合には、事業や種の特性を把握した上でどちらか適切な項目で調査を行う。例えば対象種が生態系の上位に位置する種である等、対象そのものだけでなく広く生態系全体の状況を把握する必要があれば「生態系」項目で取り上げる。その場合、生態系という観点から必要な事項だけでなく、種や個体群の保全など、重要な種という観点から必要な事項についても調査、予測や環境保全措置などが行われる必要がある。
同様に「地形・地質」「植物」「動物」項目の調査においても、それぞれの項目ごとに独立で調査方針を設定するのではなく、効果的な予測・評価のために項目間で相互に連携を取って調査項目や調査範囲を設定する必要がある。例えば、ある動物種の生息地を評価する際に植物調査の資料を転用したり、植物調査の調査地点を基準として調査を行うことが考えられる。また、ある生息地の調査において、植物調査で計画されていたものよりも広い範囲の植物の情報が必要であると判断された場合は、それを基に植物調査の項目・範囲を広げて設定する。実際の調査の進行に伴って新たな調査が必要となったり調査範囲を広げなければならない場合もあるため、最初の調査項目設定の段階だけではなく、調査実施期間中も常に項目間での調整を心がけることが重要である。
これらの調査結果をもとに、重要な動植物種、植物群落、注目すべき生息地、重要な地形・地質に対する事業の影響を評価、予測する。そして予測結果をもとに、個々の対象について回避・低減・代償等の環境保全措置を検討、実施する。
事業着手後には、予測結果や環境保全措置の効果を検証するために事後調査を行うが、この結果は常に環境保全措置に反映させなければならない。事後調査の結果、予測結果と異なる影響が明らかとなった場合や、当初の環境保全措置の効果が充分ではないと判断された場合は、必要に応じて保全方針の修正を検討し、新たな環境保全措置を行う必要がある。
２ 地形・地質
（１）調査・予測・評価項目の検討
調査、予測及び評価手法の設定にあたっては、スコーピング段階で明らかにされた環境保全の基本的な考え方や公告縦覧時の意見を踏まえ、事業の影響や地域特性等を把握し、適切な環境保全措置を検討するために有効な予測・評価項目を設定する。さらにその予測及び評価のために必要となる具体的な調査項目・手法と必要な調査量（時期、地域、地点数等）を順次検討し設定する。このとき、文献その他の既存資料によって情報を整理・解析した上で、対象地域の地形・地質の現況を明らかにするのに適した手法を選定する必要がある。
また、調査・予測等の手法の選定に際しては、常に学術分野の新しい研究成果や調査技術に注目し、効果的で実用性の高い手法を積極的に導入すべきである。
ここで、環境影響評価の対象とする「地形・地質」とは、環境保全の観点からとらえられる地学的な対象である「地形」、「地質」、「自然現象」とする。対象事業を実施する区域周辺の地形・地質を捉えるとすれば、地形と地質との関連を十分理解しておく必要があり、地形の成因のひとつとして地質が大きく寄与している場合が多く、はじめから地形と地質を全く独立した要素と位置づけてしまうことは避けるべきである。地学的な自然現象についても同様であり、地形・地質との関係の中で捉える必要がある。この意味では地表面の土壌のうち、生成の過程や物理的化学的性質が地質等の影響を強く受けているものについては地形・地質の一要素として扱っても差し支えない。
なお、地形・地質の改変は、動植物、生態系、ふれあい活動の場、大気環境、水環境等に直接的、間接的に影響を及ぼす。したがって、地形及び地質の影響の予測結果に応じてこれらの関連する要素については予測・評価を行う必要があるので、相互の関連性と記述内容の整合性について十分留意する。また、防災的な観点は環境基本法で言う「環境保全」の範疇に含まれていないが、地域の動植物や生態系、また人の生活環境としての基盤を将来にわたって保全するという観点から、地すべり地形など災害と密接な関係のある事象、地形改変に伴う土地の安定性の変化等をとらえることも考えられる。